नेपालको संबिधान जारी भए पश्चात मुलुक संघीय संरचना प्रवेश गरेको छ I हाल सात वटै प्रदेशमा सामाजिक विकास मन्त्रालय अन्तर्गत स्वास्थ्य निर्देशनालयहरु रहेका छन I सामाजिक विकास मन्त्रालय अन्तर्गतका स्वास्थ्य महाशाखाहरुले प्रदेश स्वास्थ्य निर्देशनालयसँग समन्वय गरि नीतिगत कार्यहरु गर्ने र स्वास्थ्य निर्देशनालयले मन्त्रालयको प्रादेशिक नीति निर्माणमा सहयोग गर्नुका साथै रणनीति, कार्यक्रम योजना तयार गरी प्रादेशिक स्वास्थ्य कार्यालयहरु मार्फत तपसिल बमोजिमका कार्यहरु गर्ने उद्देश्यले यस निर्देशनालयको स्थापना गरिएको हो।